厦门市中医医院正式成立于1956年11月，是全国首批示范性中医医院、福建中医学院附属医院、北京中医药大学厦门临床医学院，是一所集中医医疗、教学、科研为一体的综合性中医医院。
厦门中山医院现有职工上千名，其中主任、副主任医师150多名，享受国务院特殊津贴专家4名，硕士生导师15名，全国名老中医6名。设有床位900张（其中总院址设600张床位，南区设300张床位）。医院占地面积7.25万m2，建筑面积9.6万m2，年门诊量百万人次，年出院病人1.6万人次，是目前福建省规模少有的综合性中医医院。
厦门中山医院现有48个临床、医技科室，12个临床教研室。综合功能完善，中医特色鲜明。拥有了一批中西医结合、综合实力较强的重点专科，形成了具有中医特色的优势学科群。厦门市四大医学中心之一的肝病中心为重点专科；脾胃专科的慢性胃炎是国家中医药管理局重点专病；同时拥有两个福建省重点专科——肛肠（痔疮）病治疗中心及糖尿病专科；还有中西医结合儿科、中西医结合胆胰专科、中西医结合骨关节病专科是福建省重点专科建设单位。
厦门中山医院医疗设施先进，配置了螺旋CT、西门子800MAＸ光机、贝克曼自动生化分析仪、东芝无暗盒遥控X线机、电子腹腔镜、核磁共振、DR等价值上亿元的大型精密设备，拥有两个达到部颁二级标准的PCR实验室。
厦门中山医院搬迁后，原江头分院成为肝病中心、肛肠病中心及骨关节病中心，设床位300张，加强了医院重点专科的建设力度。
同时为方便老市区市民就诊，厦门中山医院在旧市中心的禾祥东路设立“厦门市中医院禾祥东门诊部”，以老中医专家为主，原离退休专家门诊全部迁至禾祥东门诊部。
为充分利用合理配置中医药资源，应用中医药技术和方法，不断拓展中医药服务领域，增强中医药综合服务能力，厦门中山医院依托社区卫生服务网络，设立了厦门市较早由三级医院承办的“兴隆社区卫生服务站”，并与禾山街道社区卫生服务中心、江头街道社区卫生服务中心、湖里街道社区卫生服务中心等建立双向转诊制度，做到“小病在社区，大病进医院”，充分发挥市中医院和社区卫生服务功能，以比较低廉的费用，提供较优质的卫生服务，满足社区居民基本医疗需求。
为弘扬祖国传统医学，拓展厦门市对海内外侨胞的服务与定位，推进闽西南医疗卫生中心的建设，在厦门市政府、厦门市卫生局、厦门市侨联等相关单位的支持下，2004年3月底，经省卫生厅批准，厦门市中医院加挂“厦门华侨医院”的牌子。
2005年，厦门中山医院又与我国中医药界一流高等学府——北京中医药大学携手，成立了“北京中医药大学厦门临床医学院”。北京中医药大学将在校的港澳台学生送往厦门完成部分基础课和临床课的学习，这就有利于充分发挥厦门对港、澳、台的交流优势，有利于把祖国最个性的中医药技术资源辐射到海峡对岸。
2006年5月，厦门中山医院借搬迁新址之际设立了“港澳侨台胞诊疗中心”，为港澳侨台胞提供更加完善的服务。为了给厦门市贫困归侨就医提供经济支持，在厦门市侨联的倡议下，在厦门香港联谊总会的大力支持下，医院还设立了“厦门华侨医院归侨医疗救助基金”，接受海内外热心于慈善事业的单位、团体及个人的捐款。